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要删除 iPhone 上的短信应用图标下的数字或通知标记，可以按照以下步骤操作。
1、打开短信应用。
2、进入所有短信的收件箱或发送箱。
3、点击右上角的“编辑”按钮（一个小圆圈和一支笔的图标）。
4、选中想要删除的消息（长按一条消息可以选中多条）。
5、点击左下角的“删除”按钮（垃圾桶图标），这将删除选中的消息，并且通知标记通常会随之消失，如果通知标记仍然存在，请继续下一步。
6、确保通知已关闭，打开 iPhone 的“设置”应用，找到并点击“通知”，找到“短信”应用，确保通知已关闭或处于不活跃状态，有时即使消息被删除，通知中心的通知仍然存在，导致标记不消失，确保关闭通知可以解决这个问题。
如果以上步骤无法解决问题，可能需要考虑重启设备或检查是否有未同步的通知中心消息，具体的操作可能会因iOS版本不同而略有差异，如果问题仍然存在，建议查看Apple的官方支持页面或联系Apple的客户支持获取更多帮助。